في إطار اتفاقية التعاون الدولي مع الجانب الياباني لإحداث مركز إفريقي لتكوين مهندسين في المجال البيوطبي ولتلبية الحاجة الملحة لما يتطلبه سوق الشغل الوطني والدولي في المجال البيوطبي ، يؤمن المعهد العلي للتكنولوجيات الطبية بتونس تكوينا هندسيا في :
- الهندسة البيوطبية (الهندسة الإكلينيكية _ التقنيات المتجددة في مجال الصحة _ لتقنيات ومعالجة لمعلومات في مجال الصحة)
- هندسة بيوتكنواوجيات الصحة (الهندسة لبيوصيدلانية _ هندسة بيولوجيا الصحة)
ويتم التكوين في المعهد العالي للتكنولوجيات الطبية بتونس كما يلي :
- مرحلة تحضيرية مندمجة : تدوم سنتين يسمح بالرسوب فيها مرة واحدة
- مرحلة تكوين للحصول على الشهادة الوطنية لمهندس : تدوم 3 سنوات يتم القبول للدراسة بهذه المرحلة عن طريق مناظرة بالملفت حسب النتائج لتحصل عليها خلال السنتين التحضيريتين للطبة لذين اجتازوا بنجاح السنة الثانية في حدود 80 % وبالنسبة لبقية الطلبة (20%) الذين لم يتم لتصريح بقبولهم للإلتحاق بمرحلة تكوين لمهندسين والذين أتموا بنجاح السنة الثانية من المرحلة التحضيرية يمكنهم مواصلة الدراسة بالمعهد للحصول على شهادة الإجازة الوطنية في الهندسة البيوطبية أو الإجازة الوطنية في البيوتكنولوجيا الطبية.