يستند التعاون العلمي بين تونس والاتحاد الأوروبي على الاتفاق الأرومتوسطي المؤسّس لشراكة بين الجمهورية التونسية والمجموعة الأوروبية والدول الأعضاء المبرم في جوان 1995 وخاصة في المادة 47 التي تخصّ التعاون العلمي والتقني والتكنولوجي. كما يرتكز على اتفاقية التعاون العلمي والتقني الموقعة بين الطرفين في 26 جوان 2003. قامت البلاد التونسية بتقديم مطلب إدراجها ضمن برنامج "افاق 2020" للحصول على مرتبة دولة شريكة. وقد رحّبت المفوضية الأوروبية بذلك ضمن مجلس الشراكة الذي انعقد في شهر مارس ببروكسال برئاسة السيد الطيب البكوش وزير الشؤون الخارجية، مستندة في ذلك على ما تحقق من نتائج ايجابية في البحث العلمي على غرار : 

• التطور الملحوظ والمتسارع للنشريات العلمية ولعدد براءات الاختراع
  المشاركة المميزة لتونس في البرنامج الإطاري الأوروبي السابع للبحث والتجديد التكنولوجي من خلال 117 مشروع بحث بما يناهز 15 مليون اورو
• إحداث مراكز نقل التكنولوجيا بالجامعات وبمراكز البحث وتغيير صبغتها إلى مؤسسات علمية وتكنولوجية ذات صبغة عمومية، بالإضافة إلى تركيز 24 محضنة مؤسسات
• انخراط تونس ومساندتها لمختلف المبادرات الأوروبية في المجالين البحثي والعلمي.